Nunca entendi o por quê do VirtualBox não mostrar na tela do Virtual Disk Manager uma opção fácil para se clonar discos. Para realizar essa operação, você terá de ir no console, e digitar:
vboxmanage clonevdi arquivo_origem.vdi arquivo_destino.vdi
O arquivo de destino será então criado no seu home folder, em
.VirtualBox/HardDisks.